Jeho krátky pontifikát sa odohrával na pozadí dramatických bojov o Rím. Keď Belisarius v mene byzantského cisára Justiniána I. vtiahol do mesta, Silverius v snahe ušetriť obyvateľov krviprelievania pomohol otvoriť brány mesta. Skutočné nebezpečenstvo však nečíhalo na bojisku, ale v palácových intrigách Konštantínopola. Cisárovná Teodora, ktorá tajne sympatizovala s heretickým hnutím monofyzitizmu, sa snažila dosiahnuť, aby pápež rehabilitoval heretického patriarchu Antima. Silverius však preukázal neoblomnú vernosť katolíckej pravovernosti a rezolútne odmietol ustúpiť tlaku cisárskeho dvora, hoci vedel, že tým riskuje svoj život.
Pomsta cisárovnej na seba nenechala dlho čakať. Silverius bol krivo obvinený zo zrady a z toho, že chcel otvoriť brány Ríma obliehajúcim Ostrogótom. Na základe sfalšovaných listov ho generál Belisarius v marci 537 zbavil pápežskej hodnosti, násilne mu zobral palium a obliekol ho do mníšskeho rúcha. Na jeho miesto bol protiprávne dosadený Vigilij, ktorý pôvodne sľúbil cisárovnej ústupky. Silverius bol vyhnaný do Licie v dnešnom Turecku. Hoci miestny biskup Patary intervenoval u cisára Justiniána a upozornil ho, že na svete je veľa kráľov, ale pápež je len jeden nad celou cirkvou, Silveriov návrat do Talianska situáciu nezlepšil. Vigilij ho nechal uväzniť a deportovať na opustený ostrov Palmarola.
Na tomto nehostinnom ostrove prežíval zosadený pápež nesmierne utrpenie, hlad a poníženie. Aby zachoval pokoj v cirkvi a zabránil rozkolu, oficiálne sa vzdal svojho úradu v prospech Vigilija, ktorý medzitým prekvapivo prijal pravovernú náuku a odmietol herézu. Silverius zomrel od vyčerpania a biedy 20. júna 537. Jeho hrob na ostrove sa okamžite stal cieľom pútnikov a miestom mnohých zázračných uzdravení. Cirkev si jeho pamiatku pripomína práve v deň jeho odchodu na večnosť, 20. júna, ako symbol nekompromisnej vernosti pravde a ochoty trpieť pre Krista.
-----
Modlitba k svätému Silveriovi 〉 Všemohúci a večný Bože, ty si dal svätému Silveriovi, svojmu pápežovi a mučeníkovi, milosť, aby zostal neochvejný vo viere aj uprostred prenasledovania a nespravodlivého vyhnanstva. Na jeho príhovor nám udeľ silu, aby sme nikdy nezradili evanjelium tvojho Syna pre svetský prospech alebo strach z utrpenia. Pomáhaj nám chrániť jednotu cirkvi a vytrvalo svedčiť o tvojej pravde v našom každodennom živote. O to ťa prosíme skrze nášho Pána Ježiša Krista, tvojho Syna, ktorý s tebou v jednote Duch Svätého žije a kraľuje na veky vekov. Amen.
Litániová prosba k svätému Silveriovi 〉 Svätý Silverius, verný strážca apoštolského stolca, oroduj za nás. Svätý Silverius, vzor trpezlivosti v nespravodlivom ponížení, oroduj za nás. Svätý Silverius, ktorý si dal prednosť hladu a vyhnanstvu pred zradou pravdy, oroduj za nás. Aby sme boli uchránení od každej zrady viery a hľadali iba Božiu slávu, vypros nám milosť u Pána. Amen.
Zamyslenie 〉 Život svätého Silveria nám pripomína, že vernosť pravde si často vyžaduje tú najvyššiu cenu. V dnešnom svete, kde sme neustále pokúšaní robiť kompromisy so svedomím pre osobný pokoj, kariéru alebo prijatie okolím, stojí tento svätý pápež ako maják absolútnej integrity. Bol obklopený mocnými tohto sveta, ktorí chceli ohnúť cirkevné učenie podľa svojich politických záujmov, no on zostal pevný. Jeho príbeh nás učí, že skutočné víťazstvo nespočíva v pozemskom úspechu alebo v potlesku davov, ale v čistom svedomí pred Bohom. Silverius zomrel opustený na malom ostrove, zdanlivo porazený, no pred Bohom zvíťazil a získal korunu slávy. Keď zažívame nepochopenie, krivdu alebo nespravodlivosť, pohľad na svätého Silveria nám môže dodať odvahu veriť, že Boh vidí každé naše skryté utrpenie a premení ho na požehnanie.