V roku 1615 ho vysvätili za kňaza a bol ustanovený za ostrihomského kanonika a riaditeľa cirkevných škôl v Trnave. O niekoľko rokov sa jeho kompetencie rozrástli - dostal na starosť opátstvo v Krásnej nad Hornádom. V Košiciach sa zoznámil s Melicharom Grodeckým a Štefanom Pongrácom. Bolo to obdobie, keď sa vzmáhal kalvinizmus a protestanti sa na čele s vojskom Gabriela Bethlena postavili proti panovníkovi Ferdinandovi II. a celej Katolíckej cirkvi. Vtiahli do Košíc, obsadili kostoly a žiadali smrť katolíckych kňazov.
Zajali Marka Križina, Štefana Pongráca aj Melichara Grodeckého, týrali ich hladom aj smädom; mučitelia im ponúkali rôzne majetky za to, že sa zrieknu svojej viery; potom ich bili, sekali, rezali a pálili. Marek Križin a jeho spoločníci však odmietli zradiť katolícku vieru. Napokon im odťali hlavy a hodili ich do žumpy (Štefanovi Pongrácovi však len dvakrát zaťali do hlavy, preto ešte v žumpe prežil dvadsať hodín). Pochovali ich tajne. Pozostatky Marka Križina boli neskôr prevezené do Trnavy, Ostrihoma a rodného Križevca.