Jeho kroky viedli cez Galiu až do oblasti dnešného Nemecka, presnejšie do Východného Frankska, do regiónu okolo rieky Mohan. Okolo roku 686 dorazil do mesta Würzburg, ktoré bolo vtedajším centrom tohto územia. Miestni obyvatelia, vrátane ich panovníka, vojvodu Gozberta, boli stále pohanmi. Kilián si rýchlo uvedomil, že na úspešné šírenie viery potrebuje oficiálne schválenie a požehnanie od najvyššej cirkevnej autority. Preto sa vydal na náročnú cestu do Ríma, kde ho prijal pápež Konon. Pápež s radosťou schválil jeho misionárske úmysly, udelil mu plnú moc na kázanie evanjelia a potvrdil jeho biskupské poslanie pre franskú oblasť.
Po návrate do Würzburgu sa Kilián spolu s vernými spoločníkmi Kolonátom a Totnanom s obrovským zápalom pustil do práce. Ich príkladný život plný modlitby, askézy, chudoby a úprimnej lásky k blížnemu hlboko zapôsobil na miestne obyvateľstvo. Mnohí pohania sa dali pokrstiť a vyvrcholením ich misijného úspechu bolo samotné obrátenie vojvodu Gozberta. Vojvoda prijal kresťanskú vieru a stal sa horlivým podporovateľom misie. V tejto chvíli sa však ukázala aj Kiliánova nekompromisná vernosť evanjeliu a morálnym zásadám, ktorá ho napokon stála pozemský život.
Vojvoda Gozbert žil v manželstve s Geilanou, ktorá bola vdovou po jeho zomrelom bratovi. Podľa vtedajšieho kánonického práva bol takýto zväzok neplatný a považovaný za incestný. Svätý Kilián, napriek tomu, že si vážil vojvodovu priazeň, nemohol pred týmto hriechom zatvárať oči. Otvorene, no s pastoračnou láskou vojvodovi vysvetlil, že ak chce žiť plnohodnotným kresťanským životom, musí sa s Geilanou rozísť. Gozbert, zasiahnutý pravdou Kiliánových slov, s ťažkým srdcom súhlasil a prisľúbil, že po návrate z plánovaného vojenského ťaženia tento vzťah ukončí.
Keď sa o tomto rozhodnutí dozvedela Geilana, vzbĺkla v nej obrovská nenávisť a túžba po pomste. Využila neprítomnosť svojho manžela a najala vrahov, aby sa zbavili nepohodlných misionárov. V noci 8. júla 689 vtrhli útočníci do modlitebne, kde sa Kilián, Kolonát a Totnan práve modlili. Misionári nekládli žiaden odpor a zomreli mučeníckou smrťou s modlitbou na perách. Vrahovia ich telá, spolu s pastierskou palicou, bohoslužobnými knihami a rúchami, narýchlo zakopali na mieste činu, v stajniach, aby zahladili stopy. Gozbertovi po návrate nahovorili, že misionári bez stopy odišli, no pravda čoskoro vyšla najavo. Podľa tradície vrahovia i samotná Geilana skončili tragicky, prenasledovaní výčitkami svedomia a šialenstvom.
Úcta k svätému Kiliánovi a jeho spoločníkom sa začala rýchlo šíriť. V roku 752 boli ich relikvie slávnostne prenesené do novopostavenej katedrály vo Würzburgu, ktorú založil svätý Bonifác. Svätý Kilián sa stal patrónom mesta Würzburg, celého regiónu Franky, ale aj patrónom vinohradníkov a orodovníkom pri očných chorobách. Jeho sviatok si cirkev pripomína presne v deň jeho mučeníckej smrti, teda 8. júla.
-----
Modlitba k svätému Kiliánovi za vernosť pravde 〉 Svätý Kilián, ty si neváhal opustiť svoju vlasť, aby si priniesol svetlo evanjelia do krajov zahalených tmou pohanstva. Svojou odvahou a vernosťou Kristovi si dokázal hovoriť pravdu aj mocným tohto sveta, hoci ťa to stálo život. Vyprosuj nám u nebeského Otca dar neohrozenej viery, aby sme sa nikdy nehanbili za svoje kresťanské presvedčenie a dokázali žiť v pravde a láske. Pomáhaj nám víťaziť nad pokušeniami a radšej voliť vernosť Bohu než svetskú slávu. Amen.
Modlitba k svätému Kiliánovi a spoločníkom v ťažkostiach 〉 Svätí mučeníci Kilián, Kolonát a Totnan, vy ste zjednotení v modlitbe a bratskej láske vernosť Kristovi spečatili vlastnou krvou. Obraciame sa k vám v našich pozemských zápasoch a ťažkostiach. Vyproste nám silu znášať príkoria s trpezlivosťou, odpúšťať našim nepriateľom a s dôverou odovzdávať svoj život do Božích rúk. Nech je váš príklad pre nás svetlom na našej ceste k večnej domovine. Amen.
Zamyslenie 〉 Život a smrť svätého Kiliána nás stavajú pred zásadnú otázku integrity našej viery. Kilián mohol po úspešnom pokrstení vojvodu Gozberta mlčať. Mohol si povedať, že dôležitejší je pokoj, politická podpora panovníka a postupné budovanie cirkevných štruktúr. On si však vybral cestu pravdy, pretože vedel, že viera bez morálneho základu je len prázdnou formou. Dnešný svet nás často tlačí do kompromisov – v práci, v rodine či v spoločnosti. Sme pokúšaní mlčať k nespravodlivosti alebo hriechu, len aby sme si zachovali pokoj a dobré vzťahy. Svätý Kilián nám pripomína, že skutočná láska k blížnemu nie je v tom, že mu schvaľujeme všetko, čo robí, ale v tom, že mu s úctou a odvahou pomáhame vidieť pravdu, ktorá oslobodzuje, aj za cenu osobného nepohodlia či obety.
Myšlienka svätého Kiliána 〉 Nič na tomto svete nie je také cenné, aby sme kvôli tomu obetovali pravdu Božieho slova a čistotu svojho svedomia.