Syn Epifánia, kniežaťa Cypru, Ján iba niekoľko rokov žil so svojou manželkou. Najprv umreli deti a potom umrela i manželka. Ján sa už viac neoženil. Na Cypre ho poznali ako dobrého a milosrdného človeka ku všetkým, čo boli v biede a núdzi. Keď sa uprázdnil alexandrijský patriarchálny stolec, v roku 608 za patriarchu zvolili Jána z Cypru a on, hoci sa zdráhal, nakoniec pokorne úrad prijal. Teraz sa naplno prejavila jeho štedrosť.
Jedného dňa prikázal cirkevnému hospodárovi: „Prejdi cez celé mesto a spíš mojich pánov.“ „A kto sú tvoji páni, vladyka?“, pýta sa hospodár. „Tí, ktorých vy nazývate úbohými a biednymi, to sú moji páni, lebo oni ma môžu prijať do večných príbytkov a dať mi všetku pomoc k spáse.“ Spísali teda všetkých chudobných Alexandrie. Všetkým patriarcha ustanovil denne dávať z cirkevného majetku sumu potrebnú na živobytie. V tom čase Peržania bojovali proti Sýrii a vypálili Jeruzalem a mnohých kresťanov odviedli do zajatia. Patriarcha Ján poslal lode so pšenicou a zlatom na vykúpenie zajatých.
Patriarcha se dozvedel, že nie každý z veriacich môže prísť k nemu, pretože služobníctvo nie každého pustilo a nie každého mu ohlásilo. Preto každú stredu a piatok sedával pod bránou chrámu a čítal Písmo sväté, dávajúc tak každému možnosť pristúpiť k nemu a vypočuť jeho prosby. Zmieril tých, čo sa povadili, napomínal k miernemu životu. Ak sa patriarchovi stalo, že niektorý deň nikto neprišiel, ani nikto od neho nič neprosil, vtedy vstal smutný a vchádzal so slzami do svojej izby. „Prečo si taký užialený, vladyka?‘ - pýtal sa ho kňaz chrámu. „Dnes pokorný Ján nič nenašiel, ani nič nepriniesol Bohu za svoje hriechy,“ odpovedal patriarcha. „Naozaj, teraz by si sa mal radovať, otče, že tvoje ovce žijú pokojne, bez nehôd a škriepok, ako anjeli,“ utešoval ho.
Dvakrát, alebo aj trikrát do týždňa chodil patriarcha navštevovať chorých. Raz na ulici, keď išiel k chorým, stretol ho akýsi cudzinec a prosil ha o milodar. Prikázal sluhovi, aby mu dal šesť strieborných. Cudzinec zobral dar a odišiel. Pretože chcel vyskúšať patriarchovu štedrosť, zmenil svoje oblečenie a inou cestou podbehol mu naproti a znova prosil o milodar. Patriarcha znova prikázal dať mu šesť strieborných. Ale sluha ho spoznal a pošepol to patriarchovi. A patriarcha sa robil, že nepočuje. Cudzinec zobral milodar, znova zmenil oblečenie a tretí raz prosil milodar. Sluha ho opäť poznal a povedal to patriarchovi už nahlas. Ale patriarcha mu povedal: „Daj mu dvanásť strieborných. Či to nie môj Kristus ma skúša?“
Keď sa plavil na lodi do Carihradu, patriarcha Ján onemocnel, preto loď pristála na jeho rodnom Cypre. Ján počul vo videní hlas, ktorý mu hovoril: „Kráľ kráľov ťa pozýva k sebe.“ Patriarchu zaniesli do jeho rodného mesta Amatuntu. Umierajúc zašeptal: „Ďakujem ti, Pane, Bože môj, že si ma uznal za hodného prinášať tvoje tebe a že z dobier tohto sveta mi nezostalo nič, iba pár halierov, ale prikazujem, aby aj to dali chudobným. Všetko, čo som mal, dal som Kristovi a Jemu teraz odovzdávam aj svoju dušu.“
Patriarcha Ján zomrel a pochovali ho v chráme divotvorcu Tichona, v jeho rodnom meste. Bolo to v roku 616. Vošiel do histórie cirkvi ako almužník. Pamiatku svätého Jána Almužníka, patriarchu alexandrijského, slávime 12. novembra, v západnom obrade 23. januára. Telesné ostatky sv. Jána Almužníka neskoršie preniesli z Cypru do Carihradu. Turecký sultán Mohamed II. dal ostatky patriarchu do daru kráľovi Matejovi Korvínovi. Najprv boli uložené v Budíne a v roku 1632 boli prenesené do Bratislavy, kde odpočívajú v kaplnke sv. Jána Almužníka, v dóme sv. Martina.