V druhej polovici 15. storočia kostolík v doterajšom svojom rozsahu už nestačil, nakoľko pútnikov stále pribúdalo. Okrem toho sa ukázala vážna potreba urobiť rázne opatrenia, aby sa tento kostolík nezrútil. Preto levočský farár Servác použil vtedajšie bohaté dôchodky levočskej fary na prestavbu kostola. Roku 1470 ho zväčšil a čiastočne prestaval. Púte na Mariánsku horu neprestali ani počas reformácie. Naviac, tunajší evanjelici si ponechali sviatok Návštevy Panny Márie. Oživenie pútí však nastalo po rekatolizácii, keď jej prvým činom bola veľká procesia a púť na horu 2. júla 1671. V roku 1673 dostala Mariánska hora odpustkovú listinu od pápeža. Kostol bol viackrát prebudovaný a rozšírený. Keďže kostol na mariánskom vrchu bol vystavený poveternostným vplyvom, postupne schátral, a preto ho z bezpečnostných dôvodov museli zbúrať.
Základný kameň nového kostola položil farár Martin Engelbert 13. mája 1766. Kostol bol postavený v tom istom roku. Levočský farár Ján Ehrnsperger v roku 1819 pristúpil k úplnej prestavbe kostola z roku 1766 a prebudoval ho od základov. Slávnostná posviacka zrenovovaného kostola sa konala pri príležitosti odpustovej slávnosti 2. júla 1820 za veľkého počtu pútnikov. Druhý júl 1903 sa stal medzníkom v dejinách Mariánskej hory. Spišský kanonik Ignác Zimmermann posvätil základný kameň terajšieho kostola - baziliky menšej. Slávnostná posviacka chrámu sa konala 2. júla 1922 za účasti veľkého počtu veriacich. Posviacku vykonal Ján Vojtaššák, spišský biskup.
Milostivá socha Panny Márie na hlavnom oltári v bazilike na Mariánskej hore je klenotom, pochádzajúcim z prvej polovice 15. stor., ktorý dosvedčuje hlboké korene mariánskej úcty v slovenskom národe. Komunistický administratívny tlak na cirkvi pokračoval s cieľom ďalej oslabiť a podlomiť ich činnosť. Napriek všetkým prekážkam mariánska úcta aj v tých najťažších časoch po roku 1950 bola vždy oporou kresťanstva a Katolíckej cirkvi na Slovensku. Svätý otec Ján Pavol II. dňa 26. januára 1984 dal láskavý súhlas, aby Svätyňa návštevy Panny Márie, stojaca na území Spišskej diecézy nad mestom Levoča, bola zapísaná do zoznamu menších bazilík. Odpusť na Mariánskej hore v roku 1990 bol historickou udalosťou, pretože sa po prvýkrát po štyridsiatich rokoch mohol konať bez prekážok a v slobodnej atmosfére.
Na tejto púti sa zúčastnilo takmer 500 tisíc pútnikov. Sviatok návštevy Panny Márie v roku 1995 pri-padol na nedeľu 2. júla. Hlavnú odpustovú omšu, ktorá sa už niesla v znamení očakávanej apoštolskej návštevy pápeža Jána Pavla II., celebroval Mons. František Dlugoš, levočský dekan a farár. Púť však touto sv. omšou nekončila. Asi stotisícový zástup pútnikov sa rozrastal počas nedele a hlavne v noci na pondelok 3. júla, aby ráno privítal najvzácnejšieho pútnika všetkých čias. V nedeľu večer 2. júla 1995 Svätý otec so svojím sprievodom pricestoval autom z Prešova na Spišskú Kapitulu. Cesta vzácneho pútnika na druhý deň ráno smerovala do starobylej spišskej katedrály a odtiaľ už priamo na jedno z najstarších a najznámejších európskych pútnických miest - na Mariánsku horu v Levoči.
Na túto svätú omšu na Mariánskej hore prišlo vyše 650 tisíc pútnikov, najväčší počet zo všetkých stretnutí so Svätým otcom, hoci bol pondelok 3. júla - pracovný deň. Obetný stôl, na ktorom Ján Pavol II. slúžil sv. omšu 3. júla 1995, sa nachádza v upravenom sanktuáriu v Bazilike Navštívenia na Mariánskej hore. Sedes, z ktorého sa v homílii prihovoril pútnikom, je umiestnený v Chráme sv. Jakuba v Levoči. Ďalším vyznačením Mariánskej hory v Levoči bolo oficiálne potvrdenie duchovného spojenia s Bazilikou Santa Maria Maggiore v Ríme. Mariánska hora sa počas dvadsiatich slobodných pútnických rokov naozaj vyprofilovala na najväčšie a najvýznamnejšie slovenské pútnické centrum.
Levočská svätyňa si získala vysoký kredit dôveryhodnosti a uznania v Európe, zámorí a predovšetkým na Slovensku. Mariánsku horu každoročne navštívia až 2 milióny pútnikov a veriacich. Ročne sa tam vyspovedá a pristúpi k sv. prijímaniu takmer pol milióna veriacich. Medzi pútnikmi predstavujú silnú skupinu deti a mládež. Podľa náhodného anketového prieskumu mladí ľudia vo vekovom rozpätí 12 až 18 rokov hľadajú na tomto milostivom mieste prvé zážitky duchovného charakteru, ale zároveň túžia spoznávať aj históriu a poslanie pútnického miesta. Vo svojich modlitbách deti a mládež so sympatickou úprimnosťou a čistou vierou prosia Pannu Máriu za svojich rovesníkov, priateľov, rodičov a vychovávateľov.