Od roku 1747 sa tu začala rozvíjať úcta k nitrianskej Matke Božej. Predstavuje j u vzácna drevená socha Piety - Bolestnej Matky Božej na hlavnom oltári kostola (pôvodne sa nachádzala na bočnom oltári kostola), ktorá bola nesená na čele kajúceho sprievodu mešťanov, keď v Nitre zúril mor. Smrtiaca epidémia skutočne zázračne skončila a vďační obyvatelia Nitry v rokoch 1747 a 1766 prisľúbili vykonať každoročne celomestskú votívnu púť. Biskup Ján Gustíny postavil v roku 1765 pri kostole kláštor pre prísnu rehoľu nazarénov, ktorí tu pôsobili iba niekoľko rokov. Pod kostolom sa nachádza studená krypta z roku 1728, v ktorej odpočívajú zosnulí členovia tejto rehole. Po ich odchode v roku 1769 boli tu ako duchovní správcovia kňazi - penzisti. Trvalo to skoro 150 rokov až do r. 1925. V tých časoch postavili nový hlavný oltár z mramoru. V jeho hornej časti je umiestnená socha Sedembolestnej Panny Márie.
Dejiny nitrianskej kalvárie, ktorej zastavenia vedú spred kostola až na vrchol pahorku, začínajú na prelome 18. a 19. storočia. Údajne po zrušení kláštora kamaldulov na neďalekom vrchu Zobor Jozefom II. v roku 1782, resp. po likvidácii kláštorného zariadenia v roku 1803 preniesli na kalváriu reliéfy krížovej cesty od rakúskeho sochára Františka Xavera Seegena a postavili pre ne kaplnky od kostola Matky Božej až na vrchol kopca kalvárie. Dnešné zastavenia krížovej cesty sa stavali v roku 1885, teda v období, keď sa robila generálna oprava kláštorného súboru. Nové reliéfy krížovej cesty financoval biskup Augustín Roškováni a zabezpečil ich v Mníchove. Obnovenú krížovú cestu požehnal 8. novembra 1885 gvardián nitrianskeho kláštora františkánov Ananiáš Pelčársky. Zakončením krížovej cesty je Kaplnka Božieho hrobu so šesťuholníkovým pôdorysom. Pôvodne slúžila ako varta, teda strážna veža a vysunutá obrana nitrianskeho hradu. Na úpätí Kalvárie smerujúcom k rieke Nitre postavili v r. 1913 kaplnku Lurdskej Panny Márie.
Misionári Spoločnosti Božieho Slova (verbisti) sem prišli v roku 1925. Nad starým kláštorom postavili poschodie a počas nasledujúcich troch rokov od príchodu vybudovali tu misijný dom. Obnovili kostol zväčšením o prístavby kaplnky sv. Terezky z Lisieux, oratória, sakristie a postavili zvonku poľný oltár. V roku 1932 kúpili dva nové zvony. Po týchto obnoveniach kostol posviacali v rokoch 1926,1932 a 1948. V tom roku dostal kostol aj novú bazilikálnu dlažbu. Po likvidácii kláštora v roku 1950 až do 30. 6.1997 bola pri kostole duchovná správa.
Ján Chryzostom kardinál Korec na žiadosť rehole verbistov 1. júla 1997 opäť zriadil na Kalvárii farnosť, ktorú spravujú pátri verbisti. Dnes je kostol strediskom mariánskej úcty. Každoročne na sviatok Nanebovzatej Panny Márie - 15. augusta prichádzajú sem pútnici zo širokého okolia. Po páde komunizmu sa každoročne koná na Kalvárií 5. júla - na sviatok slovanských vierozvestcov národná púť za účasti biskupov celého Slovenska.