Medzinárodná spoločnosť pre vedomie Krišnu ako nové náboženské hnutie už od svojho počiatku vzbudzuje mnohé kontroverzie. Výhrady, ktoré sa tomuto hnutiu adresujú, sa jednak dotýkajú spôsobu jeho verejného pôsobenia, no súvisia tiež s nábožensko-svetonázorovou rovinou, ktorá sa napriek mnohým odvolávkam na východnú filozofiu usiluje „prekrúteným spôsobom“ v určitých aspektoch „zjednotiť“ s kresťanskou vieroukou. Keď si Swami Prabhupáda tesne pred svojou smrťou vyberal svojich nasledovníkov, ktorí mali tvoriť GBC, povedal: „Je potrebné vybrať čo najzodpovednejších ľudí, aby ich nebolo potrebné meniť.“ Avšak do roku 1991 spomedzi jedenástich členov GBC až osem zanechalo svoje úrady a šiestich z nich dokonca z hnutia vylúčili (Bhaktipáda, Hansadutta, Džajatirtha, Bhagaván, Višnupád, Ramesvara). Medzi najznámejšie prípady patria:
Kirtanánanda Swami, ktorý je známy tiež ako Bhaktipáda (pôvodným menom Keit Ham, nar. 1937), bol obľúbeným žiakom guru, ktorý ho vo veku 29 rokov ustanovil za prvého sanjásina na Západe. Roku 1990 ho federálna vláda obvinila z mnohých trestných činov, ku ktorým sa po šiestich rokoch napokon priznal a odsúdili ho za ne na dvadsať rokov väzenia. Po návrate z väzenia štyri roky býval v Spojených štátoch a roku 2008 natrvalo vycestoval do Indie.
Hansadutta Swami (známy tiež ako Hans Kary alebo Jack London, nar. 1941) bol ďalším významným žiakom Swami Prabhupádu, ktorého vylúčili z hnutia za rôzne trestné činy. Ako jeden z prvých Prabhupádových žiakov otváral mnohé duchovné centrá hnutia a rečnil pri významnejších príležitostiach a oslavách (napr. v Kanade, Nemecku, Dánsku, Rusku, Turecku, Nepále, na Filipínach a inde). Žiaľ, už v roku 1980 ho zadržali a obvinili okrem iného z nelegálneho vlastnenia zbraní, únosu dieťaťa, vyhýbania sa plateniu daní a tiež z falšovania dokladov. Od roku 2003, keď mal srdcový infarkt, žije v Kalifornii, kde sa naďalej angažuje v šírení Krišnovho vedomia.
Džajátirtha Swami (známy ako James Edward Immel, nar. 1948) bol jedným z popredných žiakov Swami Prabhupádu, ktorého guru prijal za žiaka už v roku 1969. Roku 1970 plnil funkciu chrámového prezidenta v Los Angeles a roku 1975 ho Swami Prabhupáda vyslal do Európy (Veľká Británia), aby tam šíril Krišnovo vedomie. Medzi svojimi nasledovníkmi mal spočiatku povesť výnimočne duchovnej osoby. Často sa dostával do stavu extázy a hlbokej meditácie, po čase sa však ukázalo, že za týmito stavmi sa neskrývalo mystické zjednotenie s Krišnom, ale drogy. Okrem toho ho niektorí členovia hnutia obvinili z prepychového života v situácii, keď iní v dôsledku neustáleho nedostatku finančných prostriedkov často žili na pokraji chudoby. Po mnohých konzultáciách vo vnútri GBC padlo roku 1982 rozhodnutie vylúčiť Džajátirthu Swamiho z hnutia. O päť rokov neskôr, 13. novembra 1987, ho v deň jeho narodenín zavraždil jeden z jeho žiakov Antony Tiernan (Navanita Cora dasa).
Skutočnosť, že v hnutí Hare Krišna sa objavili mnohé kontroverzie, potvrdzuje aj T. Doktor, ktorý zdôraznil, že po smrti Swami Prabhupádu „nastala výrazná kríza vedenia vyplývajúca z rivality o nástupnícke právo, čo viedlo k rozkolom. Niektorí z duchovných učiteľov, designovaných Bhakti- védantom (Swámi Prabhupádom), boli obvinení zo sexuálneho zneužívania, obchodu so zbraňami a drogami a následne vylúčení z hnutia. Až v druhej polovici 80. rokov minulého storočia bola kríza prekonaná a odvtedy vedenie nad hnutím prevzal Riadiaci orgán“
Treba poznamenať, že problémy s nedostatkom akceptácie hnutia Hare Krišna v kresťanskom prostredí vyplývajú z obavy pred redukčným a banálnym zmiešavaním toho, čo je skutočne kresťanské s koncepciami východných náboženstiev. Je vôbec možný dialóg s vyznávačmi Krišnu? Ak im preukážeme aspoň trochu dobrej vôle, potom odpoveď bude pozitívna, pričom je ale potrebné pamätať na mnoho vážnych ťažkostí vo vedení takéhoto dialógu. Medzi ne (na doktrinálnej úrovni) predovšetkým patria:
• Nedostatok objektívneho kritéria pravdy - základným meradlom pravdy sú tu vlastné zážitky a vôľa guru; Nedostatok úcty k Bohu ako Stvoriteľovi, absencia principiálneho rozdielu medzi človekom a zvieraťom, pretože všetky organizmy obsahujú ten istý večný duchovný element, ktorý v závislosti od stupňa zaťaženia dôsledkami svojich činov z minulého života (zákon karmy) prijíma rôzne telá (teória reinkarnácie); Inkluzívny synkretizmus, ktorý sa prejavuje považovaním Ježiša za jedného z avatárov (Krišnových inkarnácií); Viera v samovykúpenie, ktorá vedie k popretiu nevyhnutnosti vykúpenia, milosti a prijímania sviatostí; Fyzická práca a utrpenie sa považujú za dôsledok minulého života, bez akejkoľvek spásnej hodnoty;
Sektárske elementy: autoritárska štruktúra, používanie rozličných foriem vymývania mozgu a kontroly mysle, skupinový nátlak, vyvolávanie pocitu viny atď.
Takéto doktrinálno-etické rozdiely medzi kresťanstvom a hnutím Hare Krišna nemusia nevyhnutne predstavovať neprekonateľnú hranicu znemožňujúcu akýkoľvek dialóg, no s istotou možno povedať, že ho výrazne sťažujú. Nakoniec je potrebné podotknúť, že spôsob fungovania Medzinárodnej spoločnosti pre vedomie Krišnu má do značnej miery charakter uzavretej spoločnosti, ktorá je pre širšiu verejnosť skôr nedostupná. Vzhľadom na svoju vysokú hermetickosť a budovanie vízie sveta, ktorá sa opiera o východné pohľady Swami Prabhupádu, je toto hnutie takmer „z princípu“ odsúdené na ustavičnú kritiku mnohých sociálnych prostredí, ktoré totiž nie vždy dokážu náležíte porozumieť zásadám a ideám, na ktorých je založené.