Organizačná štruktúra ISKCON-u je výrazne hierarchická. Na začiatku hnutie riadil jeho zakladateľ Swami Prabhupáda. V prvých rokoch mu v tejto úlohe neformálnym spôsobom pomáhalo niekoľko najbližších žiakov, v konečnom dôsledku však všetko záviselo od guru. V súčasnosti hnutie riadi kolektívny Riadiaci orgán (Governing Body Commission - GBC), ktorého štruktúra sa vytvorila v roku 1970, teda ešte počas života Swami Prabhupádu. Jeho členovia sa od toho času každý rok stretávajú na špeciálnych zjazdoch, ktoré sa spravidla konajú v Majápure. Roku 2009 za predsedu GBC zvolili Romapadu Swamiho (Brian Rumbaugh, nar. 1948). Členovia GBC sú zodpovední za kontrolu jednotlivých regiónov, na ktoré svet rozdelili. Okrem toho nad každou oblasťou bezprostredne vykonáva kontrolu príslušná oblastná komisia, pričom „členovia držia dohľad nad geografickými územiami, na ktorých sa nachádza jedna alebo viac jatier, čiže spoločenstiev bhaktov.
Na čele každého chrámu stojí chrámový prezident, ktorému pomáha tzv. Chrámová rada. Členovia sa delia na riadnych, žijúcich v komunite, a na napomáhajúcich.“ História GBC je plná mnohých nejasností a kontroverzií. Swami Prabhupáda pred svojou smrťou načrtol smer rozvoja spoločnosti, ktorý bol však, ako sa ukázalo, plný ideálov. Predstaviteľov hnutia, ktorých si vyvolil, prosil, aby konali čestne podľa zásady viery, ktorú priniesol z Indie. Odporúčal, aby členovia GBC úplne zanechali všedný spôsob života a prijali cestu sanjásina (posledná životná etapa, keď človek odvrhne všetky svetské statky a plne sa venuje duchovným činnostiam, ktorých cieľom je uspokojovanie Krišnu - pozn. red.). Požadoval od nich, aby sa zriekli nadmerného úsilia o materiálne prostriedky, neangažovali sa v politike a pod.
Medzi najdôležitejšie úlohy GBC patrili: zdokonaľovať štandardné spravovanie chrámu, propagovať Krišnov kult, publikovať a rozširovať literatúru, otvárať nové centrá a vzdelávať nových žiakov. Napriek očakávaniam však Prabhupádovi nástupcovia nenaplnili predstavy svojho duchovného majstra a mnohí z nich prijali márnivý spôsob života, ba dokonca sa v niekoľkých prípadoch dostali do viacerých sporov s inými členmi hnutia, vrátane konfliktov majúcich právny charakter.14 Po sérii početných škandálov s účasťou najvyšších predstaviteľov hnutia sa v roku 1982 začal proces renovácie GBC, ktorý ale v konečnom dôsledku neviedol k významnejšej náprave situácie. V Poľsku je vrcholným orgánom hnutia (akýmsi regionálnym Riadiacim orgánom) tzv. Rada poľskej jatry, ktorú okrem iných tvoria chrámoví prezidenti, sekretár, pokladník, reprezentant GBC a tiež riaditeľ Informačného úradu a zástupca mimochrámového spoločenstva.