V čele lérinské komunity nezůstal na vždy, v roce nám blíže neznámém ji opus til a vydal se do pevninského kláštera sv. Symforiána v Autunu, kde se příběh opakoval - Virgilius si získal srdce i uzná ní osazenstva kláštera a stal se na základě volby jeho představeným. Nového opata si cenili nejen jeho duchovní synové, ale i takový velikán, jakým byl sv. Augustin z Canterbury, který opatství navštívil při své cestě do Anglie, kde měl z pověření papeže spolu se čtyřicítkou mnichůmisionářů započít misie mezi tamními pohany. Virgilius mu byl velkou oporou v tom to bohulibém díle, pomáhal mu radou i finančně, např. mu zaplatil loď na plavbu do Anglie a později ho povzbudil, když při obrovském přetížení povinnostmi a vy vstávajícím problémům klesal na mysli. Virgilius tak má svůj podíl na obrácení královského páru a velké části ostrov ní šlechty. A nejen tento světec měl ctihodné ho opata Virgilia v úctě. Když Liceriovou smrtí osiřel biskupský stolec v Ar les, zvolili léta Páně 588 okolní biskupové a diecézní kněží novým ordinářem arleské diecéze opata z Autunu. Z doslechu ho znal i věřící lid diecéze, který volbu s radostí uvítal.
Pod Virgiliovým vedením začala diecé ze vzkvétat a nemám tím na mysli jen kamenné „květy“ nově vystavěných klášterů a kostelů, mj. katedrálu sv. Štěpána (Saint Étienne). Diecéze se vzmohla duchovně, víra zde prožívala druhé jaro. Sám Virgilius šel opět ostatním příkladem, modlit ba a skutky činné lásky byly u něj na prvním místě, žil velice činorodě, s živým zájmem o svěřené stádce. Šířil v něm také úctu ke sv. Trofimovi, svému předchůdci na arleském biskupském stolci žijícímu ve 3. století, jehož obliba dosáhla mezi věřícími takového rázu, že se u jeho hrobu v Arles zastavovali na své cestě do Santiaga de Compostela.
Virgilius se navíc těšil přízni samotného sv. Řehoře I. Velikého. Tento světec na Petrově stolci jmenoval arleského biskupa svým vikářem pro celou Galii, tj. zhruba dnešní Francii, čímž se stal pro středníkem mezi galskými biskupy a Svatým stolcem. Občas se mezi nimi vyskytly neshody, avšak z jejich korespondence vyplývá, že papež ho pověřil vysvěcením Augustina z Canterbury na biskupa, až se bude vracet z Anglie, což je důkaz o na prosto jedinečném respektu, jaký Virgilius u tohoto velkého papeže měl. Řehoř I. ho rovněž nabádal, aby se ve vztahu s nevěřícími řídil spíše duchem lásky než přísností. Reagoval tím na zprávu, že Virgilius ve své horlivosti obracet židy neváhal někdy použít dokonce násilí. Přiměl ho též, aby svolal synod proti simonii, kterýž to nešvar se v té době všude možně šířil.
Taktéž jiní vysocí představitelé církve vyjadřovali svým jednáním, jak dalece si Virgilia váží, za všechny případy uveďme například spor biskupa z Narbonne a je ho sousedů, v němž si za zprostředkova tele smíru vybrali Virgilia. Blahodárné působení sv. Virgilia v arleské diecézi, kam jej poslal Bůh, skončilo po dvaadvaceti letech jeho odchodem na věčnost. Zemřel léta Páně 610 (občas se vyskytne také letopočet 618) a jeho liturgická památka se slaví 5. března. Virgilius se zapsal do srdcí lidí, jakož i do jejich paměti nejen svými zásluhami, nýbrž i svým darem uzdravování. Hovoří o tom všechny Virgiliovy dobové životopisy. K uzdravování docházelo také po je ho smrti, často v souvislosti s návštěvou jeho hrobu v kostele sv. Salvátora, jehož stavbu svého času inicioval.