V roce 1639 zemřela Markétě matka a ona byla nucena převzít vedení domácnosti a dohled nad nezletilými sourozenci. Rok žila víceméně stejným životem, než se 7. října 1640 stala objektem zásahu shůry. Při procesí ke cti Panny Marie Růžencové se podívala na její sochu a v tom momentě zakusila Boží dotyk. Uvnitř ní se něco pohnulo. Od toho zlomového okamžiku zatoužila zcela se odevzdat Pánu a jeho svaté vůli. Stala se též od té chvíle až do své smrti velkou mariánskou ctitelkou.
Nějaký čas ovšem trvalo, než tato touha dostala konkrétní podobu. Markéta nejprve nevyslyšela nabídku ke vstupu do jedné místní komunity, neboť krom mlad-ších sourozenců se musela starat o těžce nemocného otce. Stala se tedy aspoň členkou Mariánské družiny, kde mohla povinnosti jejích členů skloubit se svými povinnostmi dcery a starší sestry. Postupně v ní ale zrála potřeba vstoupit do kláštera, nicméně jak klarisky, tak karmelitánky ji mezi sebe nepřijaly. Nerezignovala však a vytrvala v důvěře v Boží Prozřetelnost.
Ta zasáhla v roce 1652, kdy se setkala s Pavlem Chomedeyem de Maisonneuve, zakladatelem několika charitativních děl v Nové Francii, tj. v dnešní Kanadě, kde byl zároveň guvernérem francouzské kolonie Ville Marie (původní název Montrealu). Zrovna v Troyes navštívil svou sestru. Tehdy se cesty těch dvou zkřížily. Markétu nadchlo to, co de Maisonneuve vykládal o samaritánské činnosti za oceánem, spočívající v péči o děti francouzských osadníků a indiánské sirotky spřáteleného kmene Hurónů, a se svolením svého zpovědníka P. Gendreta vyšla vstříc jeho výzvě, resp. pozvání, aby se na tomto bohulibém dění taktéž podílela. Vy-razila o pár měsíců později do Ville Marie a v listopadu roku 1653 poprvé stanula na kanadské půdě.
Markéta si ani nestačila pořádně odpočinout z únavné cesty a zapojila se o své vlastní vůli do činnosti. Ošetřovala nemocné v místním špitále, učila místní drobotinu, věnovala se jí i mimo školní škamny, do toho se výrazně angažovala v rekonstrukci kříže na Mount Royal, strženého nepřátelskými indiány z kmene Irokézů. Potyčky s mocným kmenovým svazem tzv. Irokézské ligy byly dlouholetou záležitostí. Nepřátelství z jejich strany vzrostlo ještě více od roku 1641, s nímž je spjat začátek tzv. Bobřích válek, v nichž chtěli tito obávaní válečníci pobít všechny potencionální indiánské konkurenty v obchodování s kožešinami, zejména bobřími, obchodním artiklem vyhledávaným bělošskými kupci. Zbraněmi je v těchto válkách podporovali Angličané a Holanďané, kterým byl rostoucí vliv Francouzů v oblasti trnem v oku a kteří navíc nelibě pozorovali životaschopný zárodek budoucího rozsáhlého misijního díla.
Irokézové neváhali útočit rovněž na francouzské osady a smrtelnému nebezpečí z jejich strany byla dennodenně vystavena i Markéta. Odevzdána do Boží vůle, zažehnala strach a plnila své poslání bez ohledu na toto nebezpečí. Řídila tak například stavbu mariánské kaple Notre Dame de Bon Secours a vyvíjela další iniciativy. Celou svou bytostí cítila, že je tam, kde ji chtěl mít Bůh, a že koná dílo, které je v souladu s jeho vůlí. Toto přesvědčení v ní den ode dne vzrůstalo. Potvrzovalo Mariin příslib, kterého se Markétě dostalo krátce před vyplutím z Francie: „Neopustím tě,“ ujistila ji tehdy Nejsvětější Panna.
A dosvědčovaly je plody, kterých bylo díky Markétě Bourgeoysové požehnaně. Všechny pochopitelně měly základ v modlitbě, „která dává životu směr“, jak často rodačka z Troyes poznamenávala. Prokazovala jedinečné schopnosti nejen ve svých pečovatelských a učitelských aktivitách, nýbrž i v organizaci a vedení druhých. V roce 1658 například otevřela školu Mariánské kongregace, u jejíhož zrodu nedlouho předtím stála. Rok poté přijala první kandidátky, mezi nimi také dvě rodilé indiánky. Markéta pro kongregaci, jakož i pro dílo ve Ville Marie získávala dychtivé zájemkyně v rodné Francii, kam stejně jako de Maisonneuve kvůli tomu vyrazila (hned několikrát), což můžeme brát jako doklad jejího výsostného postavení. „Sestra, která je poslána na misie, bude šťastná, když bude vědět, že jedná podle Boží vůle a že v tomto zaměstnání může projevit svou vděčnost tomu, od něhož dostala vše, co má,“ říkávala. Ve škole pak sestry vyučovaly děvčata francouzského i indiánského původu a vštěpovaly jim základy křesťanského učení i obecně ženské role v rodině, kterou dodnes stavějí na první místo. Markéta založila také mariánský sbor a školu pro indiánské děti.
Podstatou veškerého Markétina jednání byla láska k Bohu a k lidem. Razila zásadu, že více než milovat bližního láskou, kterou jsme mu dlužni, je v Božích očích milovat bližního, když nám lásku dluží naopak on. V roce 1662 věnoval guvernér de Maisonneuve Markétě, resp. její kongregaci, pozemek v Pointe-Saint-Charles, kde byla vystavěna farma, z jejíhož výnosu měla kongregace žít. Najatí dělníci vymýtili široké okolí, aby zde mohly sestry pěstovat plodiny, a chránili je před případnými útoky Irokézů. Farma sloužila i jako dívčí škola.
Roku 1676 získala Markéta pro svou komunitu schválení od apoštolského vikáře Nové Francie, jímž byl sv. František Montmorency-Laval, díky čemuž mohla kongregace Sester Panny Marie Montrealské, první kongregace založená v dnešní Kanadě, nerušeně fungovat. Již o čtyři roky později se mohla Markéta radovat z prvního domu kongregace založeného v dnešních Spojených státech amerických. „Sestry se vzdávají svého zdraví, své spokojenosti a svého odpočinku pro vyučování děvčat,“ prohlásila při jedné příležitosti.
Kdyby Markéta znala české rčení o trpělivosti přinášející růže, mohla se o jeho platnosti přesvědčit dva roky před svou smrtí - roku 1698. Tehdy se totiž dočkala vysněného a dlouho vyhlíženého schválení konstituce. Dlouhá léta předtím odolávala Lavalovu přesvědčování, aby kongregaci sloučila s voršilkami. Vytrvala a zvítězila. Složila tedy sliby a přijala jméno Markéta od Nejsvětější svátosti. Markétin skon měl až mystický nádech - jedna z jejích duchovních dcer, mladičká řeholnice, byla na pokraji smrti. A ona nabídla Bohu svůj život za její.
Blahořečená byla 12. 11. 1950 papežem Piem XII. a kanonizována 31. 10. 1982 papežem Janem Pavlem II.