svátek: 24. srpna
Janina radost ovšem neměla dlouhého trvání. V červenci následujícího roku vypukla v zemi galského kohouta smutně proslulá revoluce, namířená mj. proti církvi. Revolucionáři nějaký čas vyčkávali, pak ale začali přepadat a rabovat kláštery, přičemž ten pařížský obývaný vincentkami a také Janou byl jedním z prvních na řadě.
Jako všude jinde se nositelé revolučních myšlenek snažili osazenstvo kláštera přimět k přísaze na Občanskou ústavu duchovenstva, která zcela pošlapávala suverenitu církve. Jana odmítla, pročež byla surově zmlácena. To bylo roku 1792. Rok poté vážně onemocněla, dokonce už byla zaopatřena, pak se ale náhle uzdravila. Sestry byly ze svého kláštera vyhnány a jejich kongregace z moci úřední zrušena, stejně jako jiné řády a kongregace. Jana Antida odešla do Doubs, poté učila v Sancey, načež se coby doprovod P. Antoine Silvestra Receveuze nakrátko usadila v bavorském Babenhausenu a později v Pasově. Poté se vrátila zpět do Sancey, kde opětovně otevřela školu, ovšem ne na dlouho. Brzy musela utéct před revolučními orgány, které dráždilo její působení, kvůli němuž si ji každou chvíli předvolávaly. Jako na všech předchozích působištích navštěvovala režimu nepřátelské kněze a věřící pro víru uvězněné, pečovala o nemocné a odsouzené doprovázela na popraviště. Již tehdy platila slova, která Jana Antida řekla později: „Protivenství mi nevezmou odvahu.“
Odešla do švýcarské Landerony, kde setkání s generálním vikářem besançonské arcidiecéze de Chaffoyem pro ni znamenalo zásadní předěl v životě. Poněvadž spadala do jeho diecéze, nařídil Janě návrat do Francie a založení řeholní společnosti věnující se výchově a vedení bezprizorních dětí a nezletilých v křesťanském duchu, a navíc ošetřování nemocných. Jana uposlechla a usadila se v Besançonu, kde nejprve založila bezplatnou školu (jako ostatně vždycky předtím) a vývařovnu pro chudé a posléze (11. dubna 1799) také Kongregaci milosrdných sester pod ochranou sv. Vincenta de Paul. Od samého začátku plnila kongregace, čítající zatím jenom pár řeholnic, své poslání ze všech sil - sestry se snažily napravovat duchovní škody způsobené Francouzskou revolucí, a to zejména mezi mladými; k tomu obstarávaly pomoc potřebným a nemocným. Prezentovaly se tak, že v samotném Besançonu jim městská rada svěřila vedení nemocnice a útulků.
O sestrách se brzy vědělo i za hranicemi země, což nejlépe dokládá pozvání neapolského krále Joachima Murata do Neapole, aby blahodárně působily i v tomto jihoitalském městě. Jana Antida toto pozvání vyslyšela a usadila se se svými spolusestrami v klášteře Regina Caeli, tj. Královna nebes. „Splnily jsme svou povinnost a budeme ji plnit i nadále, jelikož toto po nás chce Bůh,“ prohlásila tehdy. Zanedlouho fungovalo na Apeninském poloostrově více klášterů milosrdných sester, které se opíraly o stanovy schválené nejprve besançonským arcibiskupem a poté (roku 1819) i papežem Piem VII., jenž ve stanovách učinil pár podružných úprav. Přesto se jeho úpravy staly kamenem úrazu, který Janu Antidu bolestivě zasáhl. Ve Francii byl totiž stále živý duch galikanismu, jehož podstatou byla snaha francouzského episkopátu vymanit se z vlivu papežů a nelibost v případě zasahování Vatikánu do záležitostí francouzské církve. Arcibiskup Gabriel Cortois de Pressigny přesně takto nazíral na úpravy stanov, které on schválil, jakož i na Piem VII. pozměněný název Dcery lásky pod ochranou svatého Vincence de Paul, a jal se proti Janině kongregaci zasahovat. Zasahoval proti Janě Antidě samotné, když ponoukal sestry zůstavší v jeho arcidiecézi proti ní a všem sestrám působícím mimo tuto arcidiecézi. Takže nepřímo vlastně i proti kongregaci, ježto zvnějšku vyvolaná revolta způsobila vážnou roztržku uvnitř mladičké řeholní rodiny.
Nadarmo psala Jana Antida sestrám burcující slova mířící na jejich svědomí: „Jsem dcera církve svaté, buďte jimi se mnou i vy.“ Když to nepomohlo, rozhodla se roku 1823 zjednat nápravu osobně, avšak sestry ji na příkaz arcibiskupa, jenž se s ní nemínil setkat, nechaly stát před fortnou besançonského kláštera, který sama založila, a nepustily ji dovnitř. Toto odtržení setrvalo dlouhých sto padesát let… Vrátila se tedy do Neapole, kde dožila v pověsti svatosti, nasazujíc všechny své síly ve prospěch potřebných, se srdcem milujícím a prostým jakékoli zloby či uražené pýchy, které v jeho půdě ani neměly kdy zakořenit. „Ponechme milosrdnému Bohu starost o dílo, které jsme vložily do jeho rukou. Nechť se ve všem děje jeho vůle a nechť k tomu dopomohou naše chvály. Tyto pocity naplňují mé srdce,“ napsala v těch krušných časech v jednom dopise. „Nestačí jen odpustit, je třeba dotyčnou osobu i milovat,“ říkávala nejen v tomto případě, ale i ve všech ostatních, kdy zakoušela křivdy.
Její hlavní zásadou bylo hledat Boží vůli a řídit se jí: „Bože, dej mi poznat svou vůli, protože netoužím po ničem jiném než plnit ji ve všem. Řekni mi, co mám dělat, a udělám to,“ měla ve zvyku se modlit. K podobnému postoji nabádala své spolusestry: „Usilujte ze všech sil hledat Boží vůli a věrně ji plnit.“ Věrná papežům, z nichž jeden ji nazval Dcerou Petrovou, opustila tato dcera lásky své šedé sestry, jak se členkám jí založené kongregace začalo říkat, dne 24. srpna 1826. Přesně o sto let později ji Pius XI. prohlásil za blahoslavenou (23. května) a za dalších osm let za svatou (14. ledna). Ostatky světice jsou zčásti uloženy v neapolském chrámě Regina Caeli, zčásti v mateřinci v Římě. V rodném Sancey byla vystavěna jí zasvěcená bazilika, a dokonce je po ní v Besançonu pojmenovaná autobusová zastávka a jeden tramvajový vůz.