Jan se narodil kolem roku 1340 v trhové vsi Pomuk (dnešní Nepomuk) v jihozápadních Čechách. Jeho otec Velflín (nebo Volflín) byl v Nepomuku rychtářem. Jan získal základní vzdělání u místních cisterciáků a poté odešel studovat do Prahy na nově založené vysoké učení (Karlova univerzita).
Od roku 1369 působil jako veřejný notář v arcibiskupské kanceláři v Praze, což svědčí o jeho mimořádném právním nadání a spolehlivosti. Aby si prohloubil vzdělání, odešel v roce 1380 studovat církevní právo na univerzitu v italské Padově, kde v roce 1387 získal doktorát. Po návratu do Prahy jeho kariéra strmě stoupala. V roce 1389 ho pražský arcibiskup Jan z Jenštejna jmenoval svým generálním vikářem. V této funkci byl Jan druhým nejmužnějším mužem pražské diecéze a musel řešit složité správní, majetkové a politické záležitosti.
Klíčovým momentem Janova osudu byl hluboký spor mezi králem Václavem IV. a arcibiskupem Janem z Jenštejna. Václav IV. byl vznětlivý panovník, který se snažil omezit vliv církve a podřídit si ji. Spor vyvrcholil v roce 1393 otázkou obsazení bohatého kláštera v Kladrubech. Král chtěl po smrti tamního opata klášter zrušit a z jeho majetku vytvořit nové biskupství pro svého oblíbence. Arcibiskup Jenštejn a jeho generální vikář Jan Nepomucký však krále předešli. Jakmile starý opat zemřel, potvrdili rychlou volbu nového opata, čímž královy plány zhatili. Jan zde jednal striktně podle církevního práva, ale král to vnímal jako osobní urážku a zradu.
Václav IV. si pozval zástupce arcibiskupa na jednání na Pražský hrad, které se však rychle zvrhlo v násilný výstup. Král nechal Jana Nepomuckého a další úředníky zatknout. Zatímco ostatním se podařilo uprchnout nebo byli propuštěni, Jan Nepomucký a oficiál Mikuláš z Boršova byli podrobeni krutému mučení v budově staroměstské rychty. Král se mučení sám aktivně účastnil (podle legend pálil Jana na boku pochodní). Cílem bylo vynutit si přiznání nebo informace. Jan mučení nepřežil. Jeho polomrtvé nebo již mrtvé tělo bylo večer 20. března 1393 shozeno z tehdejšího Kamenného (dnes Karlova) mostu do Vltavy.
Podle pozdější tradice, kterou zaznamenal kronikář Tomáš Ebendorfer v 15. století a naplno rozvinul dějepisec Bohuslav Balbín, byl důvodem králova hněvu ještě druhý motiv. Jan byl zpovědníkem královny Žofie, manželky Václava IV. Žárlivý král chtěl po Janovi vědět, z čeho se královna vyzpovídala. Jan však i přes hrozby smrti zachoval zpovědní tajemství a nic neprozradil. Tato tradice udělala z Jana celosvětového patrona zpovědníků.
Tělo vyplavené z Vltavy bylo nejprve pohřbeno v klášteře křižovníků a později přeneseno do katedrály sv. Víta na Pražském hradě. Kolem jeho hrobu se brzy začaly dít zázraky. Při otvírání jeho hrobu v roce 1719 byl nalezen organický zbytek, který byl považován za neporušený jazyk (symbol toho, že Jan nic nevyzradil). Moderní antropologický výzkum vedený prof. Emanuelem Vlčkem v 70. letech 20. století ukázal, že šlo o část vysušené mozkové tkáně, což však nijak neubírá na symbolické síle tohoto úkazu. Jan Nepomucký byl 31. května 1721 prohlášen za blahoslaveného papežem Inocencem XIII. a 19. března 1729 za svatého papežem Benediktem XIII. Jeho kult se rozšířil po celém katolickém světě, zejména ve střední Evropě a Latinské Americe.
-----
Modlitba za uchování čistého slova a mlčenlivosti 〉 Svatý Jane Nepomucký, ty jsi raději volil mučednickou smrt, než abys porušil věrnost a zradil svěřené tajemství. Vypros nám u Boha dar moudrosti, abychom věděli, kdy je třeba mluvit a kdy mlčet. Pomáhej nám chránit dobré jméno našich bližních. Dej, ať náš jazyk nikdy nezraňuje, nelže a neseje hněv, ale naopak přináší pokoj, útěchu a pravdu. Pomáhej nám být spolehlivými strážci tajemství, která nám druzí v důvěře svěří. Amen.
Modlitba v těžkých životních zkouškách 〉 Svatý Jane, který jsi prošel temnotou nespravedlnosti, mučení a vodami Vltavy, obracíme se k tobě ve svých vlastních tísních. Ty víš, co je to lidská zloba, nepochopení a strach. Stůj při nás, když se nad námi stahují mračna životních zkoušek. Vypros nám odvahu pevně stát za tím, co je správné, i tehdy, když za to musíme platit vysokou cenu. Daruj nám pokoj uprostřed bouří a doveď nás bezpečně do přístavu Božího království. Amen.
Liturgická modlitba 〉 Bože, ty jsi dal své církvi svatého Jana Nepomuckého jako neohroženého obhájce práv církve a strážce zpovědního tajemství; dopřej nám na jeho přímluvu, abychom tě poslouchali více než lidi a s tvou pomocí dokázali ovládat svůj jazyk. Skrze Krista, našeho Pána. Amen.
Zamyšlení 〉 Když se podíváme na sochu svatého Jana Nepomuckého na Karlově mostě nebo na tisících jiných mostů po celé Evropě, vidíme muže s prstem na ústech, s křížem v ruce a pěti hvězdami kolem hlavy. Co nám tento světec ze 14. století může říct dnes, v 21. století?
Hodnota slova a mlčení 〉 Žijeme v době informačního přesycení. Každý den vyprodukujeme miliony slov na sociálních sítích, v médiích i v osobních rozhovorech. Často mluvíme dřív, než myslíme, a sdílíme věci, které by měly zůstat skryté. Jan Nepomucký je mistrem pravdivého mlčení. Ukazuje nám, že mlčení není slabost nebo zběsilý útěk před realitou, ale projev vnitřní síly a úcty k druhému člověku. Zpovědní tajemství, které Jan bránil, je symbolem absolutní bezpečnosti, kterou by měl člověk u člověka nalézt. Jsme pro své blízké bezpečným místem, kde jejich slabosti nebudou dál šířeny?
Odvaha postavit se moci 〉 Jan Nepomucký se ocitl uprostřed politického mlýna. Stál proti absolutní moci krále, který si myslel, že může ovládat vše - i lidské svědomí a církevní instituce. Jan neuhnul. Jeho příběh je mementem, že existují hodnoty, které stojí nad státní mocí, nad kariérou a nad osobním pohodlím. Připomíná nám, že svědomí je posvátný prostor, který nesmíme prodat za výhody nebo klidný život.
Mosty nad propastmi 〉 Je hluboce symbolické, že Jan, ačkoliv byl z mostu svržen, se stal patronem mostů. Most spojuje dva břehy, které by jinak zůstaly oddělené. V dnešní polarizované společnosti, kde lidé často staví zdi nepochopení a nenávisti, nás svatý Jan volá k tomu, abychom byli staviteli mostů. Spojovat lidi, hledat to, co nás spojuje, spíše než to, co nás rozděluje, a to i za cenu osobních obětí.
Svatý Jan Nepomucký tak zůstává moderním hrdinou: mužem pevného charakteru, věrným přítelem a strážcem lidské důstojnosti, jehož světlo (připomínané pěti hvězdami) svítí i v temnotách našich současných krizí.