Zprávy o Cyrilově životě před jeho volbou na významný stolec v Alexandrii jsou řídké. Byl synovcem Teofila, který od roku 385 jakožto biskup vedl pevně a rozhodně diecézi v Alexandrii, a Cyril se narodil pravděpodobně v téže egyptské metropoli mezi lety 370-380. Záhy vykročil na dráhu církevního života, dostalo se mu dobrého kulturního i teologického vzdělání. Roku 403 byl v Konstantinopoli po boku mocného strýce a účastnil se tady synody zvané „cejchovací“, která sesadila biskupa města Jana (nazvaného později Zlatoústý), což znamenalo vítězství alexandrijského stolce nad tradičním rivalem - Konstantinopolí, která byla sídlem císaře. Po smrti svého strýce Teofila byl ještě mladý Cyril roku 412 zvolen biskupem vlivné Církve v Alexandrii, kterou vedl velmi energicky třicet dva let vždycky ve snaze utvrdit její primát v rámci celého Východu a také silná tradiční pouta s Římem.
Dva nebo tři roky poté roku 417 nebo 418 se Alexandrijský biskup projevil jako realista, když znovu nastolil narušené společenství s Konstantinopolí, které trvalo už od roku 406 v důsledku sesazení Jana Zlatoústého. Starý spor s Konstantinopolským stolcem se však obnovil asi o deset později, když tam byl roku 428 zvolen Nestorius, vlivný a přísný mnich Antiochijské formace. Nový biskup Konstantinopole totiž záhy vyvolal opozici, protože ve svém kázání upřednostňoval pro Marii označení „Matka Kristova“ (Christotokos) namísto titulu „Matka Boží“ (Theotokos), který si oblíbila lidová zbožnost. Motivem této preference biskupa Nestoria bylo jeho přilnutí ke kristologii antiochijského typu, která se v důsledku obrany významu lidství Kristova, uchylovala k tvrzení, že je odděleno od božství. Nebyla už tedy pravá jednota mezi Bohem a člověkem v Kristu a přirozeně pak už nebylo možné hovořit ani o „Matce Boží“.
V dopise Nestoriovi, který byl později roku 451 schválen Chalcedonským, čtvrtým ekumenickým koncilem, Cyril zřetelně popisuje svou kristologickou víru: „Řekněme, že existují různé přirozenosti, které se spojily do pravé jednoty, ale z obou vznikl jediný Kristus a Syn, nikoli proto, že sjednocením by byla eliminována různost přirozeností, ale spíše proto, že božství a lidství, spojeny do nevyslovitelné a nepochopitelné jednoty, vytvořily pro nás jediného Pána, Krista a Syna“. A důležité je toto: pravé lidství a pravé božství se reálně pojí v jedné jediné Osobě, Našem Pánu Ježíši Kristu. Proto - pokračuje biskup Alexandrie - „vyznáváme jediného Krista a Pána, nikoli v tom smyslu, že se klaníme člověku spolu s Logosem, abychom termínem „spolu“ nepodsouvali ideu rozdělení, nýbrž v tom smyslu, že se klaníme jednomu jedinému, protože Logosu není cizí jeho tělo, s nímž také sedí po pravici Otce, a tedy nikoli jakoby vedle něho seděli dva synové, ale pouze jeden jediný, spojený s vlastním tělem“.
Biskup Alexandrie, díky obezřetným dohodám, brzy dosáhl toho, že Nestorius byl opakovaně odsouzen: ze strany římského stolce, potom řadou dvanácti anatémat, která sám formuloval a nakonec třetím ekumenickým koncilem, který se konal v Efezu roku 431. Shromáždění, které se konalo za proměnlivých a bouřlivých okolností, bylo zakončeno prvním velkým triumfem Mariánské úcty a vyhnanstvím Konstantinopolského biskupa, který nechtěl přiznat Panně Marii titul „Matka Boží“ v důsledku chybné kristologie, která vnášela rozdělení do samotného Krista. Cyril však poté, co přemohl svého rivala a jeho nauku, dovedl už roku 433 dosáhnout kompromisní teologické formulace a tím také smíření s antiochijskými. A také toto je významné: z jedné strany je tu zřetelné učení víry, ale z druhé strany také intenzivní hledání jednoty a smíření. Všemi způsoby se v následujících letech věnoval obraně a vysvětlování své teologické pozice a to až do smrti, ke které došlo 27. června 444. (Generální audience)